NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Son çalışmalar steril kan fikrine meydan okudu ve bir kan mikrobiyomunun varlığını düşündürdü. Kandaki mikrobiyal nükleik asitlerin tespitinin, bağırsak da dahil olmak üzere uzak mikrobiyal nişlerin durumunu yansıttığı düşünülmektedir. Bununla birlikte, bu mikropların kökenleri ve yaşayabilirliği tartışılmaya devam etmektedir. Bu çalışmada Parkinson hastalığında (PD), şizofrenide (SCZ) ve posttravmatik stres bozukluğunda (PTSD) kan mikrobiyom imzaları, insan genomuna haritalamayan RNA dizilimi (RNA-seq) okumaları çıkarılarak değerlendirildi. Ayrıca, PD, SCZ ve TSSB'deki bağırsak ve kan mikrobiyomu arasındaki korelasyonu araştırdık.Hastalık etiyolojisinin arkasındaki olası mekanizmalar hakkında fikir edinmek için.MetodlarPD'den tüm kan örneklerini kullandık (davalar: n = 14; kontroller: n = 19), SCZ (davalar: n = 17; kontroller: n = 22) ve TSSB (davalar: n = 45; travmaya maruz kalan [TE] kontrolleri: 34 = kohort. İnsan referans genomuna (hg38/GRCH38) haritalamayan RNA eşleştirilmiş uç dizisi, dizi hizalama/harita araçları (SAMtools) kullanılarak izole edildi. Bu haritalanmamış okumalar, Kraken2 (v2.1.3; k2_standart_08gb_20240112.taz.gz veritabanı) kullanılarak bilinen arkeal, bakteriyel ve viral mikrobiyal genomlara karşı sınıflandırıldı ve daha fazla takson bolluğu Bracken (v2.9) kullanılarak tahmin edildi. Her kohort için vaka kontrol grupları arasındaki kan mikrobiyal imzalarının diferansiyel bolluğu DESeq2 (v1.38.3) kullanılarak değerlendirildi. Her kohort ayrı ayrı analiz edildi.SonuçlarPD ve Salmonella enterica, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa ve Acinetobacter wuhouensis bolluğunda istatistiki olarak önemli farklılıklar. CC6-YY-74 ve SCZ'deki Shinella sumterensis kohorta özgü kontrollerle karşılaştırıldığında gözlenmiştir. PTSD vakaları ve kontrolleri arasında mikrobiyal imzalarda istatistiksel olarak anlamlı bir fark gözlenmedi.ConclusionPD ve SCZ ile ilişkili kan mikrobiyal imzaları bulduk; Bununla birlikte, TSSB için anlamlı bir kan mikrobiyal imzası gözlenmedi. Bu sonuçlar, düşük mikrobiyal imza konsantrasyonları nedeniyle önyargıların ortaya çıkmış olabileceği için dikkatli bir şekilde yorumlanmalıdır. Bu bulguların biyolojik etkilerini, özellikle de yeniden tasarlanmış veri kaynağını ve düşük biyokütle örneklerinin analizini etkilediği bilinen kirlenme potansiyelini (flebotomi ve DNA ekstraksiyonu ve reaktiflerden arka plan kirlenmesi sırasında) anlamak için daha fazla araştırma yapılması gerekmektedir.
Özgün kaynak özetini okuyun
IntroductionRecent studies have challenged the idea of sterile blood, suggesting the presence of a blood microbiome. The detection of microbial nucleic acids in blood is thought to reflect the status of distant microbial niches, including the gut. However, the origins and viability of these microbes remain debated. In this study, blood microbiome signatures in Parkinson's disease (PD), schizophrenia (SCZ), and posttraumatic stress disorder (PTSD) were evaluated by extracting RNA-sequencing (RNA-seq) reads that did not map to the human genome. Furthermore, we investigated the correlation between the gut and blood microbiome in PD, SCZ, and PTSD to gain insight into possible mechanisms behind disease etiology.MethodsWe used whole-blood samples from PD (cases: n = 14; controls: n = 19), SCZ (cases: n = 17; controls: n = 22), and PTSD (cases: n = 45; trauma-exposed [TE] controls: n = 34) cohorts. The RNA paired-end sequence reads that did not map to the human reference genome (hg38/GRCH38) were isolated using the sequence alignment/map tools (SAMtools). These unmapped reads were classified against known archaeal, bacterial, and viral microbial genomes using Kraken2 (v2.1.3; k2_standard_08gb_20240112.taz.gz database), and further taxa abundances were estimated using Bracken (v2.9). The differential abundance of blood microbial signatures between case-control groups for each cohort was assessed using DESeq2 (v1.38.3). Each cohort was analyzed separately.ResultsStatistically significant differences in the abundance of Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter wuhouensis in PD and Salmonella enterica, Staphylococcus aureus, Pseudomonas sp. CC6-YY-74, and Shinella sumterensis in SCZ were observed compared to cohort-specific controls. We observed no statistically significant differences in microbial signatures between PTSD cases and controls.ConclusionWe found blood microbial signatures associated with PD and SCZ; however, no significant blood microbial signature was observed for PTSD. These results should be interpreted with caution as biases may have been introduced due to low concentrations of microbial signatures. Further research is required to understand the biological implications of these findings, in particular, taking into account the repurposed data source, and the potential for contamination (during phlebotomy, and background contamination from DNA extraction and reagents) known to impact the analysis of low-biomass samples.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.