NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Parkinson hastalığı (PD), küresel olarak en hızlı büyüyen nörolojik bozukluklardan biridir. Yaygın solunum yolu enfeksiyonları (RI'ler) ve idiyopatik Parkinson hastalığı (iPD) arasındaki moleküler ilişki tartışmalı bir konu olmaya devam etmektedir. Çok sayıda çalışma akut solunum yolu enfeksiyonlarını PD'ye bağlamıştır, ancak bu bağlantının arkasındaki moleküler mekanizma önemli ölçüde tanımlanmamıştır. Bu nedenle, çalışmamızın amacı RIS ve PD arasındaki potansiyel moleküler etkileşimleri araştırmaktı. NCBI Gene Expression Omnibus'tan (NCBI GEO) halka açık sekiz RNA-seq veri setini aldık ve diferansiyel gen ekspresyonu (DGE) analizi, örtüşen diferansiyel ekspresyon genlerinin (DEG'ler), ağırlıklı gen eş ekspresyon ağ analizinin (WGCNA), yol ve fonksiyonel zenginleştirme analizinin, protein protein protein ağlarının inşası ve hub genlerinin tanımlanması dahil olmak üzere kapsamlı biyoinformatik analizler gerçekleştirdik. Ek olarak, en önemli genleri tanımlamak için harici RIS veri kümelerine bir makine öğrenme yöntemi, bir Rastgele Orman modeli (RF) uyguladık. Ribozomal altbirimlerin, mitokondriyal kompleks proteinlerin, proteozom altbirimlerinin ve ubiquitin kodlayan proteinlerin eş zamanlı olarak RIS ve PD'de regüle edildiğini ve birlikte ifade edildiğini bulduk. Bu proteinlerin disregülasyonu, ribozom biyogenezi, protein sentezi, otofaji ve apoptozdan sorumlu olanlar gibi birden fazla yolu bozabilir; ubiquitin-proteazom sistemi (UPS); ve mitokondriyal solunum zinciri. Bu süreçler, PD'nin patolojisinde, yani alfa-sinüklein, mitokondriyal disfonksiyon ve dopaminerjik nöron hücrelerinin ölümü ile ilişkilendirilmiştir. Bulgularımız transkripsiyon yanıtlarında ve RIS, PD ve yaşlanma arasındaki işlevsiz moleküler mekanizmalarda önemli benzerlikler olduğunu göstermektedir. RI'lar PD-ilişkili yolları yaş veya bağışıklık bağımlı bir şekilde modüle edebilir; RIS risk faktörünü incelemek için uzunlamasına çalışmalara ihtiyaç vardır. Bu nedenle, gelecekteki çalışmalar, PD'nin patogenezindeki RIS'in rolünü netleştirmek için yaş, aşılama durumu, enfeksiyon tipi ve şiddetinin etkisini deneysel olarak araştırmalıdır.
Özgün kaynak özetini okuyun
Parkinson's disease (PD) is one of the most rapidly growing neurological disorders globally. The molecular relationship between common respiratory infections (RIs) and idiopathic Parkinson's disease (iPD) remains a controversial issue. Multiple studies have linked acute respiratory infections to PD, but the molecular mechanism behind this connection is not significantly defined. Therefore, the aim of our study was to investigate potential molecular interactions between RIs and PD. We retrieved eight publicly available RNA-seq datasets from the NCBI Gene Expression Omnibus (NCBI GEO) and performed extensive bioinformatics analysis, including differential gene expression (DGE) analysis, the identification of overlapped differentially expressed genes (DEGs), weighted gene co-expression network analysis (WGCNA), pathway and functional enrichment analysis, the construction of protein-protein networks, and the identification of hub genes. Additionally, we applied a machine learning method, a Random Forest model (RF), to external RIs datasets to identify the most important genes. We found that ribosomal subunits, mitochondrial complex proteins, proteasome subunits, and proteins encoding ubiquitin are simultaneously downregulated and co-expressed in RIs and PD. Dysregulation of these proteins may disturb multiple pathways, such as those responsible for ribosome biogenesis, protein synthesis, autophagy, and apoptosis; the ubiquitin-proteasome system (UPS); and the mitochondrial respiratory chain. These processes have been implicated in PD's pathology, namely in the aggregation of α-synuclein, mitochondrial dysfunction, and the death of dopaminergic neuron cells. Our findings suggest that there are significant similarities in transcriptional responses and dysfunctional molecular mechanisms between RIs, PD, and aging. RIs may modulate PD-relevant pathways in an age- or immune-dependent manner; longitudinal studies are needed to examine the RIs risk factor. Therefore, future studies should experimentally investigate the influence of age, vaccination status, infection type, and severity to clarify the role of RIs in PD's pathogenesis.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.