NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Arka planErektil disfonksiyon (ED) ve Parkinson hastalığı (PD) hastaların yaşam kalitesini önemli ölçüde bozan yaygın durumlardır. Ortaya çıkan kanıtlar, ED ve PD arasında potansiyel bir ilişki olduğunu, muhtemelen paylaşılan biyolojik mekanizmalar tarafından aracılık edildiğini göstermektedir. Bu araştırma, paylaşılan transkriptomik değişiklikleri ve ED ve PD ile ilişkili altta yatan biyolojik yolları incelemeyi amaçlamaktadır. ED ve PD ile ilgili MethodsGene ifade profilleri, özellikle GSE2457 ve GSE7621 veri kümeleri olmak üzere Gene Expression Omnibus veritabanından türetilmiştir. Hastalar ve kontroller arasında farklı ifade edilen genler (DEG'ler) diferansiyel ekspresyon analizi ile tanımlanmıştır. Tanımlanan DEG'lerin biyolojik rollerini ortaya çıkarmak için Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) yolu ve Gen Ontolojisi analizleri de dahil olmak üzere fonksiyonel zenginleştirme analizleri gerçekleştirildi. Potansiyel anahtar genleri rafine etmek ve doğrulamak için, destek vektörü makine özyinelemeli özellik eliminasyonu ve LASSO regresyonu gibi makine öğrenme algoritmaları kullanıldı. Tanımlanan genlerle ilgili potansiyel bağışıklık yanıtlarını incelemek için bağışıklık sızması analizi yapıldı. Buna ek olarak, miRNA-gen ve protein-protein etkileşim ağları kuruldu. Son olarak, seçilen genlerin güvenilirliği dış ve deneysel doğrulama yoluyla doğrulandı.SonuçlarToplam olarak ED ve PD arasında 25 örtüşen DEG tespit edildi. Fonksiyonel zenginleştirme analizi, bu DEG'lerin redoks homeostaz ve nöronal hücre vücut fonksiyonu gibi biyolojik süreçlerde yer aldığını göstermiştir. KEGG pathway analizi, adrenerjik sinyalizasyon, cGMP-PKG sinyallemesi gibi yollarda önemli bir zenginleşme olduğunu göstermiştir. Makine öğrenme algoritmaları, aday genleri daha da rafine etti, SHOX2 ve PIK3R6 güçlü teşhis potansiyeli gösterdi. Bağışıklık infiltrasyon analizi, gen ekspresyon seviyeleri ile çeşitli bağışıklık hücresi tipleri arasında korelasyonlar olduğunu göstermiştir. Yapılandırılmış miRNA-gen düzenleyici ağlar, bu genlerin ifadesini modüle eden olası transkripsiyon sonrası düzenleyici mekanizmaları ortaya çıkardı. Son olarak, bu genlerin tanısal performansı dış veri kümelerinde doğrulandı, performansları ROC analizi ve deneysel doğrulama ile daha da doğrulandı.Bu çalışma, biyoinformatik analizleri yoluyla ED ve PD arasında paylaşılan biyolojik hedefi tanımladı. SHOX2 ve PIK3R6 anahtar genleri potansiyel biyobelirteçler olarak hizmet edebilir. Bu sonuçlar ED ve PD'yi bağlayan moleküler mekanizmalar hakkında yeni bilgiler sunabilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundErectile dysfunction (ED) and Parkinson's disease (PD) are prevalent conditions that considerably impair patients' quality of life. Emerging evidence suggests a potential relationship between ED and PD, possibly mediated by shared biological mechanisms. This research seeks to examine shared transcriptomic alterations and the underlying biological pathways associated with ED and PD.MethodsGene expression profiles related to ED and PD were derived from the Gene Expression Omnibus database, specifically the GSE2457 and GSE7621 datasets. Differentially expressed genes (DEGs) between patients and controls were identified through differential expression analysis. Functional enrichment analyses, including Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway and Gene Ontology analyses, were carried out to uncover the biological roles of the identified DEGs. To refine and validate potential key genes, machine learning algorithms, such as support vector machine-recursive feature elimination and LASSO regression, were employed. Immune infiltration analysis was carried out to examine potential immune responses related to the identified genes. Additionally, miRNA-gene and protein-protein interaction networks were established. Finally, the reliability of the selected genes was validated through external and experimental verification.ResultsIn total, 25 overlapping DEGs were identified between ED and PD. Functional enrichment analysis demonstrated that these DEGs were involved in such biological processes as redox homeostasis and neuronal cell body function. KEGG pathway analysis indicated significant enrichment in pathways such as adrenergic signaling, cGMP-PKG signaling. Machine learning algorithms further refined the candidate genes, with SHOX2 and PIK3R6 demonstrating strong diagnostic potential. Immune infiltration analysis demonstrated correlations between the gene expression levels and various immune cell types. The constructed miRNA-gene regulatory networks revealed possible post-transcriptional regulatory mechanisms that modulated the expression of these genes. Finally, the diagnostic performance of these genes was verified in external datasets, with their performance further confirmed by ROC analysis and experimental verification.ConclusionThis study identified the shared biological target between ED and PD through bioinformatics analyses. The key genes SHOX2 and PIK3R6 may serve as potential biomarkers. These results may offer new insights into the molecular mechanisms linking ED and PD.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.