NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Arka planMitokondri ve bağışıklık fonksiyonu, gestasyonel diabetes mellitus (GDM) patogenezinde önemli rol oynar. Bununla birlikte, bunların katılımının altında yatan karmaşık moleküler mekanizmalar zor olmaya devam etmektedir. Bu nedenle, bu çalışma, GDM'de mitokondri ile ilişkili genler (MRG'ler) ve bağışıklıkla ilişkili genler (IRG'ler) arasındaki etkileşimi aydınlatmayı amaçlamaktadır.MetodlarBu çalışmada, GDM ile ilgili veri kümeleri (GSE103552, GSE154414 ve GSE173193) MRG'ler ve IRG'ler ile birlikte entegre edilmiştir. Diferansiyel ekspresyon analizi, daha sonra MRG'ler ve IRG'lerle kesişen diferansiyel eksprese edilmiş genleri (DEG'ler) tanımlamak için GSE103552'de yapılmıştır. Kesişme genleri arasındaki korelasyonlar değerlendirildi ve istatistiksel öneme ve güçlü korelasyona sahip olanlar aday genler olarak seçildi. Daha sonra imza genlerinin seçimini daha da iyileştirmek için üç makine öğrenme algoritması uygulandı. Optimum model belirlendi ve bu modeldeki genler imza genleri olarak belirlendi. Bu genlerin ekspresyon seviyeleri daha sonra incelendi ve GSE103552 ve GSE154414 veri kümelerinde GDM ve kontrol grupları arasında önemli farklılıklar ve tutarlı eğilimler gösterenler hub genleri olarak tanımlandı. Daha sonraki analizler arasında kromozomal ve hücre altı lokalizasyon, zenginleştirme, düzenleyici mekanizma ve hub genlerinin ilaç tahmin analizleri yer aldı. Anahtar hücre tipleri GSE173193'te analiz edildi. Son olarak, hub genlerinin ekspresyonu ters transkripsiyon nicel polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) ile doğrulandı.SonuçlarComprehensive analizi MRPL15, MRPL22 ve MRPS18C'yi, her biri GDM grubunda önemli ölçüde daha düşük ekspresyon seviyeleri gösteren pivot hub genleri olarak tanımladı. Kromozomal lokalizasyon, kromozom 4'te MRPS18C, kromozom 5'te MRPL22 ve kromozom 8'de MRPL15'i ortaya çıkardı. Hücre altı dağılım analizi, MRPL15 ve MRPL22'nin ağırlıklı olarak çekirdekte lokalize olduğunu, MRPS18C'nin ise esas olarak sitoplazmik olduğunu göstermiştir. Zenginleştirme analizi, spliceozom, proteazom, Parkinson hastalığı ve ribozom yollarının hub genleri tarafından zenginleştirildiğini gösterdi. Düzenleyici analiz, YY1'in MRPS18C ve MRPL22, ARID3A'nın MRPS18C ve MRPL15'i düzenlediğini ve FOXC1'in MRPL22 ve MRPL15'i düzenlediğini ortaya koydu. Son olarak, RT-qPCR sonuçlarının sonuçları, MRPL15, MRPL22 ve MRPS18C'nin GDM grubunda önemli ölçüde azaldığını doğruladı.Bulgu Bulgularımız, GDM'deki MRPL15, MRPL22, MRPS18C, monositler ve vilous sitotrofoblast hücrelerinin önemini vurgulamaktadır. Bu anlayışlar, GDM'yi hedefleyen tanı ve potansiyel terapötik müdahaleler için değerli etkiler sağlar.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundMitochondria and immune function play pivotal roles in the pathogenesis of gestational diabetes mellitus (GDM). However, the intricate molecular mechanisms underlying their involvement remain elusive. Therefore, this study aimed to elucidate the interaction between mitochondria-related genes (MRGs) and immune-related genes (IRGs) in GDM.MethodsIn this study, GDM-related datasets (GSE103552, GSE154414, and GSE173193) were integrated along with MRGs and IRGs. Differential expression analysis was conducted on GSE103552 to identify differentially expressed genes (DEGs), which were then intersected with MRGs and IRGs. Correlations among the intersection genes were evaluated, and those with statistical significance and strong correlation were selected as candidate genes. Three machine learning algorithms were subsequently applied to further refine the selection of signature genes. The optimal model was determined, and genes within this model were designated as signature genes. Expression levels of these genes were then examined, and those showing significant differences and consistent trends between GDM and control groups in both GSE103552 and GSE154414 datasets were identified as hub genes. Further analyses included chromosomal and subcellular localization, enrichment, regulatory mechanism, and drug prediction analyses of hub genes. Key cell types were analyzed in GSE173193. Finally, the expression of hub genes was validated by reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR).ResultsComprehensive analysis identified MRPL15, MRPL22, and MRPS18C emerged as pivotal hub genes, each showing significantly lower expression levels in the GDM group. Chromosomal localization revealed MRPS18C on chromosome 4, MRPL22 on chromosome 5, and MRPL15 on chromosome 8. Subcellular distribution analysis indicated that MRPL15 and MRPL22 were predominantly localized in the nucleus, whereas MRPS18C was mainly cytoplasmic. Enrichment analysis showed that spliceosome, proteasome, Parkinson disease, and ribosome pathways were enriched by the hub genes. Regulatory analysis revealed that YY1 regulated MRPS18C and MRPL22, ARID3A regulated MRPS18C and MRPL15, and FOXC1 regulated MRPL22 and MRPL15. Finally, results of RT-qPCR results confirmed that MRPL15, MRPL22, and MRPS18C were significantly downregulated in the GDM group.ConclusionOur findings highlight the significance of MRPL15, MRPL22, MRPS18C, monocytes, and villous cytotrophoblast cells in GDM. These insights provide valuable implications for the diagnosis and potential therapeutic interventions targeting of GDM.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.