BDCD: a comprehensive Brain Disease Cell-cell communication Database.

Araştırma özeti

Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by

Disregülasyonlu hücre hücresi iletişimi (CCC), beyin hastalığı patolojisinin bir sürücüsü olarak giderek daha fazla tanınır ve nöroinflamasyona, sinaptik disfonksiyona ve nörodejenerasyona katkıda bulunur. Bununla birlikte, mevcut kaynaklar beyin özgüllüğü, bölgesel kapsam ve fonksiyonel açıklama konusunda sınırlı kalmaktadır. Bu boşluğu gidermek için, büyük beyin hastalıkları boyunca CCC ağlarına odaklanan ilk kapsamlı kaynak olan Beyin Hastalığı Hücre-hücre iletişim Veritabanını (BDCD) geliştiriyoruz. BDCD, tek hücreli RNA-seq çalışmalarından 8 519 425 tek hücre ve 14 beyin bölgesini ve Alzheimer hastalığı, Parkinson hastalığı, şizofreni, bipolar bozukluk ve multipl sklerozu kapsayan 13 kanonik hücre türünü kapsayan uzamsal transkriptomik haritalardan 140 744 nokta içeren 38 elle kürlenmiş veri kümesini entegre eder. BDCD, 495 000'den fazla ligand-reseptör etkileşim olayını yeniden yapılandırır ve bunları genom çapında dernek çalışmalarından 6100 tek nükleotid polimorfizmi, 3350 ilaç ve 72 477 allosterik modülatör dahil olmak üzere yapısal özellikler, genetik dernekler, yollar ve terapötik modülatörlerle ilişkilendirir. Bu kapsamlı atlas çapraz hastalık karşılaştırmasını sağlar ve dinamik hipotez üretimini destekler, mekanistik içgörüler ve terapötik keşif için bir temel sağlar. BDCD, https://bioinfo.uth.edu/bdcd/ adresinde halka açıktır. Veritabanı URL: https://bioinfo.uth.edu/bdcd/.

Özgün kaynak özetini okuyun

Dysregulated cell-cell communication (CCC) is increasingly recognized as a driver of brain disease pathology, contributing to neuroinflammation, synaptic dysfunction, and neurodegeneration. Nevertheless, existing resources remain limited in brain specificity, regional coverage, and functional annotation. To address this gap, we develop the Brain Disease Cell-cell communication Database (BDCD), the first comprehensive resource focused on CCC networks across major brain diseases. BDCD integrates 38 manually curated datasets, comprising 8 519 425 single cells from single-cell RNA-seq studies and 140 744 spots from spatial transcriptomic maps, spanning 14 brain regions and 13 canonical cell types covering Alzheimer's disease, Parkinson's disease, schizophrenia, bipolar disorder, and multiple sclerosis. BDCD reconstructs more than 495 000 ligand-receptor interaction events and links them to structural features, genetic associations, pathways, and therapeutic modulators, including 6100 single nucleotide polymorphisms from genome-wide association studies, 3350 drugs, and 72 477 allosteric modulators. This comprehensive atlas enables cross-disease comparison and supports dynamic hypothesis generation, providing a foundation for mechanistic insights and therapeutic discovery. BDCD is publicly available at https://bioinfo.uth.edu/bdcd/. Database URL: https://bioinfo.uth.edu/bdcd/.

Bilimsel değerlendirme

Araştırma sorusu

Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.

Yöntem ve örneklem

Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.

Temel bulgular

Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.

Sınırlılıklar

Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.

Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.