NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Olumsuz sonuç yolları (AOP'ler), ilk moleküler tetikleyici (moleküler başlatma olayı, MIE), nedensel olarak bağlantılı anahtar olaylar (KE'ler) ve ters sonuç (AO) arasındaki stresor-spesifik olmayan olaylar dizilerini tanımlar. AOP'lar, yeni bir yaklaşım metodolojisi olarak kimyasal toksisite testine yardımcı olmayı amaçlamaktadır. Bununla birlikte, yaygın olarak kullanılan AOP geliştirme yöntemleri, emek yoğun olan manuel kürasyona bağlıdır. Sonuç olarak, hala nispeten az sayıda AOP vardır ve çok sayıda toksisite mekanizması ve olası AO'lar tanımlanmadan kalır. Bu nedenle, yeni AOP'ları tahmin etmek için sistematik ve yüksek verimli yaklaşımlara ihtiyaç vardır. Burada, kavramın bir kanıtı olarak böcek öldürücüler ve Parkinson Hastalığı kullanarak yeni aday AOP'lar oluşturmak için veri entegrasyonuna dayalı bir çerçeve geliştirdik ve uyguladık. Bağlantısız veritabanlarını entegre ettik ve istatistiksel olarak bağladık (örn. Karşılaştırmalı Toksikogenomik Veritabanı, İnsan Protein Atlası ve Gen Ontolojisi) MIE-KE (hücre seviyesi)-KE (doku seviyesi)-AO adayı AOP'leri oluşturmak için. Bu sistematik süreç sayesinde 562.117 aday AOP ürettik, daha sonra bu AOP'ları kanıt ağırlık (WoE) yaklaşımını kullanarak attık ve WoE >0.5 ile 12.756 AOP'ye öncelik verdik. Öncelikli AOP'lar, örneğin toksisite ile ilgili çeşitli mekanizmalar tanımlar. MAPK, PTEN ve FGFR sinyal yolları, en sık MIE olarak "MAPK1 fosforilasyonunu arttırır". 100 adet rastgele önceliklendirilmiş AOP analizi sayesinde, %70'inin biyolojik makuliyetlerini destekleyen dış literatüre sahip olduğunu ve sadece %15'inin tanımlanamayacak derecede mantıksız dernekleri temsil ettiğini gördük. AOP üreten yaklaşımımız, tutarlı bir şekilde yapılandırılmış AOP'lar sunar ve AOP kapsamını farklı stresörler ve sonuçlar arasında genişletmek için mevcut ve gelişmekte olan geliştirme yöntemlerini tamamlayabilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
Adverse outcome pathways (AOPs) describe stressor-non-specific sequences of events between a first molecular trigger (molecular initiating event, MIE), causally linked key events (KEs), and an adverse outcome (AO). AOPs are intended to aid in chemical toxicity testing as a new approach methodology. However, commonly used AOP development methods depend on manual curation, which is labor-intensive. As a result, there are still relatively few AOPs, and a huge number of toxicity mechanisms and possible AOs remain undescribed. Therefore, systematic and high-throughput approaches to predict new AOPs are needed. Here, we developed and implemented a data integration-based framework to generate new candidate AOPs using insecticides and Parkinson's Disease as a proof of concept. We integrated and statistically linked disconnected databases (e.g. Comparative Toxicogenomics Database, Human Protein Atlas, and Gene Ontology) to form MIE-KE (cell level)-KE (tissue level)-AO candidate AOPs. Through this systematic process, we generated 562,117 candidate AOPs, which we then scored using a weight-of-evidence (WoE) approach and prioritized 12,756 AOPs with a WoE >0.5. The prioritized AOPs describe varied mechanisms of toxicity related to e.g. MAPK, PTEN, and FGFR signaling pathways, with "increases phosphorylation of MAPK1" as the most frequent MIE. Through analysis of 100 random prioritized AOPs, we found 70% had external literature supporting their biological plausibility, and only 15% represented identifiably implausible associations. Our AOP-generating approach yields consistently structured AOPs and can complement existing and emerging development methods to expand AOP coverage across different stressors and outcomes.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.