NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Abstract Background Obsessive-compulsive disorder (OCD), mitokondriyal ilişkili genler (MRG'ler) ve programlanmış hücre ölümü ile ilgili genler (PCD-RG'ler) ile bağlantılı biyobelirteçlerin belirlenmesinde önemli bir küresel zorluk teşkil etmekte ve bozukluğun patogenezine yeni bakış açıları sunmaktadır. Yöntemler OKB ile kontrol örnekleri arasında farklı ifade edilen genler (DEG'ler) GSE78104 veri kümesinden tanımlanmıştır. Diferansiyel olarak ifade edilen MRG'ler (DE MRG-MRG'ler) ve PCD-RG'ler (DE-PCD-RG'ler) sırasıyla MRG ve PCD-RG gen setleri ile kesişerek elde edildi ve DE mitokondriyal ilişkili PCD (DE-MPCD) genleri elde edildi. Anahtar OKB ile ilişkili genler ağırlıklı gen eş-ifade ağı analizi (WGCNA) kullanılarak tanımlanmış ve OKB için aday genler DE-MPCD-RG'lerle kesişerek seçilmiştir. Makine öğrenme algoritmaları, GSE78104 ve GSE60190 veri kümelerinden daha fazla potansiyel biyobelirteçleri görüntülemek için uygulandı. Seçilen biyobelirteçlerin ekspresyon seviyeleri, biyobelirteçlerin mRNA ekspresyonunu doğrulamak için OCD ve sağlıklı bireylerden alınan örneklerde ters transkripsiyon-kuantatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR) ile doğrulandı. Bu biyobelirteçlerde zenginleştirilmiş yolları analiz etmek için Gene Set Zenginleştirme Analizi (GSEA) gerçekleştirildi. OKB'de immün hücre infiltrasyon paternleri ve OKB için potansiyel terapötik ajanlar da araştırıldı. Sonuçlar Toplam 13 DE-MPCD-RG, 374 anahtar modül geni ile kesişmiş ve 12 aday gen ile sonuçlanmıştır. Bunların arasında OKB için sekiz potansiyel biyobelirteç tespit edildi. Özellikle, NDUFA1 ve COX7C, hem veri kümelerinde hem de klinik örneklerde OKB'de önemli ölçüde azaltıldı ve bu da onları OKB için güvenilir biyobelirteçler haline getirdi. GSEA, NDUFA1 ve COX7C'nin 'ribozom', 'oksidatif fosforilasyon', 'fosforilasyon', 'Parkinson hastalığı' gibi yollarda önemli ölçüde zenginleştiğini ortaya koydu. Ayrıca, aktif CD8 T hücreleri ve nötrofiller, OKB ve kontrol örnekleri arasındaki diferansiyel bağışıklık hücreleri olarak tanımlandı. Ek olarak, 73 potansiyel terapötik ajan ilaç-hedef etkileşim analizi yoluyla tahmin edildi. Sonuç Bu çalışma, OKB'de mitokondriyal ilişkili iki biyobelirteç tanımlar ve bozukluğun patogenezine yeni bakış açıları sunar. Bu bulgular erken tanıyı ilerletme ve OKB için hedefli terapötik stratejiler geliştirme potansiyeline sahiptir.
Özgün kaynak özetini okuyun
Abstract Background Obsessive-compulsive disorder (OCD) poses a substantial global challenge in identifying biomarkers linked to mitochondrial-related genes (MRGs) and programmed cell death-related genes (PCD-RGs), offering new insights into the disorder's pathogenesis. Methods Differentially expressed genes (DEGs) between OCD and control samples were identified from the GSE78104 dataset. Differentially expressed MRGs (DE MRG-MRGs) and PCD-RGs (DE-PCD-RGs) were derived by intersecting with MRG and PCD-RG gene sets, respectively, yielding DE mitochondrial-related PCD (DE-MPCD) genes. Key OCD-related genes were identified using weighted gene co-expression network analysis (WGCNA), and candidate genes for OCD were selected by intersecting these with DE-MPCD-RGs. Machine learning algorithms were applied to further screen potential biomarkers from the GSE78104, and GSE60190 datasets. The expression levels of selected biomarkers were validated by reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) in samples from patients with OCD and healthy individuals to validate the mRNA expression of the biomarkers.controls. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) was conducted to analyze the pathways enriched in these biomarkers. Immune cell infiltration patterns in OCD and potential therapeutic agents for OCD were also investigated. Results A total of 13 DE-MPCD-RGs were intersected with 374 key module genes, resulting in 12 candidate genes. Among these, eight potential biomarkers for OCD were identified. Notably, NDUFA1 and COX7C were significantly downregulated in OCD in both the datasets and clinical samples, making them reliable biomarkers for OCD. GSEA revealed that NDUFA1 and COX7C were significantly co-enriched in pathways such as ‘ribosome’, ‘oxidative phosphorylation’, ‘phosphorylation’, ‘Parkinson's disease’. Furthermore, activated CD8 T cells and neutrophils were identified as the differential immune cells between the OCD and control samples. Additionally, 73 potential therapeutic agents were predicted through drug-target interaction analysis. Conclusion This study identifies two mitochondrial-related biomarkers in OCD, offering novel perspectives on the disorder’s pathogenesis. These findings hold potential for advancing early diagnosis and developing targeted therapeutic strategies for OCD.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.