NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
ABSTRACT N - Homosisteinilasyonun, proteinlerin immünojenik, trombojenik ve amiloidojenik özelliklerini indüklediği gösterilmiştir. Homosistein (Hcy) toksisitesinin mekanizmaları hakkında fikir edinmek için çok önemli olmasına rağmen, Hcy-thiolactone (HTL) protein modifikasyonunun etkilerinin proteom çapında çalışmaları, N-Hcy-proteinlerinin düşük bolluğu nedeniyle zorlu olmaya devam etmektedir. Yüksek alan asimetrik dalga formu iyon hareketlilik spektrometrisinin (FAIMS) diğer PTM'lerin tanımlanmasını geliştirdiği gösterilmiştir, bu nedenle N-homosisteinile proteinlerin (N-Hcy-proteinleri) karakterizasyonunu kolaylaştırmasını ve insan hastalıklarındaki rolleri hakkında fikir edinmelerine yardımcı olmasını bekliyorduk. Kapsamlı ölçüm optimizasyonundan sonra, N -Hcy-protein / peptid tanımlamasının, fare karaciğeri ve beyin örnekleri arasındaki verimini, ya yerli ya da modifiye edilmiş in vitro HTL ile karşılaştırdık. Ayrıca, farklı indirgeme ve alkilasyon ajanlarının, yani DTT/IAA ve TCEP/MMTS'nin, tanımlanmış N -Hcy-sitelerinin sayısı üzerindeki etkisini inceledik. FAIMS, alkilasyon yöntemine bakılmaksızın N-Hcy-Lys-peptid ve N-Hcy-protein sayısını sırasıyla 1.3-7 kat ve 1.1-14 kat artırdı. Sırasıyla 69 ve 1.198 in vivo ve in vitro N -Hcy-proteinleri tespit ettik. KEGG yol terimi zenginleştirme analizi, in vitro N -Hcy-proteinleri arasında on üst KEGG yolunun Parkinson hastalığı, prion hastalığı, Huntington hastalığı, oksidatif fosforilasyon, amyotrofik lateral skleroz, nörodejenerasyon yolları - çoklu hastalıklar, karbon metabolizması, kanserojenez - reaktif oksijen türleri, Alzheimer hastalığı ve diyabetik kardiyomiyopati olduğunu göstermiştir. FAIMS'in N -Hcy-proteome analiz iş akışına değerli bir katkı olduğu ve N -Hcy-sitelerinin haritalanmasını kolaylaştırdığı sonucuna varıyoruz. Veriler ProteomeXchange üzerinden PXD062860 tanımlayıcısı ile kullanılabilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
ABSTRACT N -Homocysteinylation has been shown to induce immunogenic, thrombogenic, and amyloidogenic properties of proteins. Although very important to gain insight into the mechanisms of homocysteine (Hcy) toxicity, proteome-wide studies of the effects of Hcy-thiolactone (HTL) protein modification remain challenging due to the low abundance of N -Hcy-proteins. High field asymmetric waveform ion mobility spectrometry (FAIMS) has been shown to improve the identification of other PTMs, we therefore expected it to facilitate the characterization of N -homocysteinylated proteins ( N -Hcy-proteins) and help gain insight into their role in human disease. After extensive measurement optimization, we compared the yield of N -Hcy-protein/peptide identification across mouse liver and brain samples, either native or modified in vitro with HTL. Additionally, we examined the influence of different reduction and alkylation agents, namely DTT/IAA and TCEP/MMTS, on the number of identified N -Hcy-sites. FAIMS increased the number of N -Hcy-Lys-peptides and N -Hcy-proteins by 1.3-7-fold and 1.1-14-fold, respectively, regardless of alkylation method. We have identified 69 and 1,198 in vivo and in vitro N -Hcy-proteins, respectively. KEGG pathway term enrichment analysis showed that among in vitro N -Hcy-proteins, ten top KEGG pathways were Parkinson disease, prion disease, Huntington disease, oxidative phosphorylation, amyotrophic lateral sclerosis, pathways of neurodegeneration – multiple diseases, carbon metabolism, carcinogenesis – reactive oxygen species, Alzheimer disease, and diabetic cardiomyopathy. We conclude that FAIMS is a valuable addition to N -Hcy-proteome analysis workflow and facilitates the mapping of N -Hcy-sites. Data are available via ProteomeXchange with identifier PXD062860.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.