NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Proteinler ve etkileşimleri biyolojik sistem için temeldir. Bilimsel paradigmanın sistem biyolojisine kaymasıyla, proteinlerin insan yaşamındaki rolleri ve hastalıkların giderek daha fazla gerekli hale gelmesi konusunda derin bir anlayış elde etmek için bir ağ bakış açısından fonksiyonel çalışması. Protein-protein etkileşimi (PPI) ağ oluşturma için zaten birkaç yöntem mevcut olmasına rağmen, hastalıkla ilişkili PPI ağının kesin olarak yeniden yapılandırılması bir zorluk olmaya devam etmektedir. Bu makalede, farklı ağırlıklara sahip bir proteinin etkili etkilerinin hesaplanması için doğrudan ve dolaylı bağlantıların benimsendiği ağdaki proteinlerin kapsamlı etkisi hakkında yeni bir kavram tanıtıyoruz. Optimize edilmiş ağırlıklarla, PPI ağını daha fazla doğrulama ve doğrulama için yeniden yapılandırmak için önemli proteinleri ve etkileşimlerini hesaplar ve seçeriz. Yöntemin performansını değerlendirmek için, modelimizi beş standart veri seti kullanarak var olan altı modelle karşılaştırdık. Sonuçlar, yöntemimizin var olanlardan daha iyi performans gösterdiğini gösterdi. Daha sonra modelimizi prostat kanserine ve Parkinson hastalığına uyguladık ve gelecekteki deneysel doğrulama için yeni hastalıkla ilişkili proteinleri tahmin ettik. Çeşitli protein-protein etkileşim ağlarının biyolojik sistem üzerinde dramatik etkileri vardır. Hastalıkla ilişkili PPI ağları genellikle deneysel verilerden hesaplama modelleri ile yeniden yapılandırılır, ancak sınırlı doğrulukla. PPI ağını yeniden yapılandırmak için ağdaki proteinlerin kapsamlı etkisi hakkında yeni bir kavram geliştirdik. Modelimiz en son teknolojilerden daha iyi performans gösteriyor ve daha sonra daha fazla doğrulama için yeni etkileşimleri tanımlamak için modelimizi uyguladık.
Özgün kaynak özetini okuyun
Proteins and their interactions are fundamental to biological system. With the scientific paradigm shifting to systems biology, functional study of proteins from a network viewpoint to get a deep understanding of their roles in human life and diseases being increasingly essential. Although several methods already existed for protein-protein interaction (PPI) network building, the precise reconstruction of disease associated PPI network remains a challenge. In this paper we introduce a novel concept of comprehensive influence of proteins in network, in which direct and indirect connections are adopted for the calculation of influential effects of a protein with different weights. With the optimized weights, we calculate and select the important proteins and their interactions to reconstruct the PPI network for further validation and confirmation. To evaluate the performance of the method, we compared our model with the six existed ones by using five standard data sets. The results indicated that our method outperforms the existed ones. We then applied our model to prostate cancer and Parkinson’s disease to predict novel disease associated proteins for the future experimental validation. Author Summary The diverse protein-protein interaction networks have dramatic effects on biological system. The disease associated PPI networks are generally reconstructed from experimental data with computational models but with limited accuracy. We developed a novel concept of comprehensive influence of proteins in network for reconstructing the PPI network. Our model outperforms the state-of-the-art ones and we then applied our model to identify novel interactions for further validation.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.