Long-read genome sequencing and multi-omics in aging and neurodegeneration

Araştırma özeti

Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by

Yapısal varyantlar (SV'ler) genetik varyasyonun önemli bir kaynağıdır, ancak sağlıklı yaşlanma ve nörodejeneratif hastalıklarda yeterince araştırılmamıştır. Stanfords Aging and Memory Study ve Alzheimers Disease Research Center'dan 551 derin fenotipli birey üzerinde nanopor uzun okumalı genom dizilemesi (lrGS) yaptık ve eşleştirilmiş metilasyon, transkriptomik ve proteomik verilerle entegre edilmiş kapsamlı bir SV haritası oluşturduk. IrGS tarafından tanımlanan SV'lerin %60'ından fazlası, tek nükleotit varyantları (SNV'ler) tarafından kötü etiketlenmiş birçok kişi de dahil olmak üzere kısa okunan WGS ile tespit edilmedi. Moleküler özellikler arasında 60.000 SV-QTL keşfettik ve SV'lerin nedensel olarak ince haritalanmış olma ihtimalinin SNV'lerden daha yüksek olduğunu gösterdik. Alzheimer ve Parkinson hastalığı GWAS ile kolokalizasyon, TMEM106B, BIN3 ve NBEAL1 dahil olmak üzere çoklu lokustaki SV'leri içeriyordu. Çok omikli aykırı zenginleşme ve Bayesian modellemesi, bilinen risk genlerine yakın nadir fonksiyonel SV'lere öncelik verdi. Bu veriler, sağlıklı yaşlanma ve nörodejenerasyonda yaygın düzenleyici SV'leri ortaya çıkararak, lrGS'nin karmaşık genetik mimarinin deşifre edilmesindeki önemini vurgulamaktadır.

Özgün kaynak özetini okuyun

Structural variants (SVs) are a major source of genetic variation yet remain underexplored in healthy aging and neurodegenerative diseases. We performed nanopore long-read genome sequencing (lrGS) on 551 deeply-phenotyped individuals from Stanfords Aging and Memory Study and Alzheimers Disease Research Center, generating a comprehensive SV map integrated with matched methylation, transcriptomic, and proteomic data. Over 60% of SVs identified by lrGS were not detected with short-read WGS, including many poorly tagged by single-nucleotide variants (SNVs). We discovered >60,000 SV-QTLs across molecular traits and showed that SVs were more likely than SNVs to be fine-mapped as causal. Colocalization with Alzheimers and Parkinsons disease GWAS implicated SVs at multiple loci, including TMEM106B, BIN3, and NBEAL1. Multi-omic outlier enrichment and Bayesian modeling prioritized rare functional SVs near known risk genes. Combined, these data reveal widespread regulatory SVs in healthy aging and neurodegeneration, underscoring the importance of lrGS in deciphering complex genetic architecture.

Bilimsel değerlendirme

Araştırma sorusu

Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.

Yöntem ve örneklem

Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.

Temel bulgular

Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.

Sınırlılıklar

Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.

Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.