NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Olumsuz sonuç yolları (AOP'ler), ilk moleküler tetikleyici (moleküler başlatma olayı, MIE), nedensel olarak bağlantılı anahtar olaylar (KE'ler) ve olumsuz bir sonuç (AO) arasındaki stresor spesifik olmayan olaylar dizilerini tanımlar. AOP'lar, yeni bir yaklaşım metodolojisi olarak kimyasal toksisite testine yardımcı olmayı amaçlamaktadır. Bununla birlikte, yaygın olarak kullanılan AOP geliştirme yöntemleri, emek yoğun olan manuel kürasyona bağlıdır. Sonuç olarak, hala nispeten az sayıda AOP vardır ve çok sayıda toksisite mekanizması ve olası olumsuz sonuçlar tanımlanmamıştır. Bu nedenle, yeni AOP'ları tahmin etmek için sistematik ve yüksek verimli yaklaşımlara ihtiyaç vardır. Burada, konseptin bir kanıtı olarak böcek öldürücüler ve Parkinson Hastalığı kullanarak yeni aday AOP'lar oluşturmak için veri entegrasyonuna dayalı bir çerçeve geliştirdik ve uyguladık. Bağlantısız veritabanlarını (örneğin Karşılaştırmalı Toksikogenomik Veritabanı, İnsan Protein Atlası ve Gen Ontolojisi) MIE – KE (hücre seviyesi) – KE (doku seviyesi) – AO adayı AOP'ları oluşturmak için entegre ettik. Bu sistematik süreç sayesinde 562.117 aday AOP ürettik, daha sonra bir ağırlık kanıt (WoE) yaklaşımı kullanarak attık ve 12.756 AOP'u WoE >0.5 ile önceliklendirdik. Öncelikli 100 AOP'un rastgele örneklenmesiyle, %70'inin biyolojik makuliyetlerini destekleyen dış literatüre sahip olduğunu ve sadece %15'inin tanımlanamayacak derecede mantıksız dernekleri temsil ettiğini gördük. Öncelikli AOP'lar, MAPK, PTEN ve FGFR sinyal yolları ile ilgili çeşitli toksisite mekanizmalarını, "MAPK1'in fosforilasyonunu arttırır" en sık MIE olarak tanımlar. AOP oluşturma yaklaşımımız sürekli yapılandırılmış AOP'lar sunar ve AOP kapsamını farklı stresörler ve sonuçlar arasında genişletmek için mevcut ve gelişmekte olan geliştirme yöntemlerini tamamlayabilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
Adverse outcome pathways (AOPs) describe stressor non-specific sequences of events between a first molecular trigger (molecular initiating event, MIE), causally linked key events (KEs), and an adverse outcome (AO). AOPs are intended to aid in chemical toxicity testing as a new approach methodology. However, commonly used AOP development methods depend on manual curation, which is labor intensive. As a result, there are still relatively few AOPs and a huge number of toxicity mechanisms and possible adverse outcomes remain undescribed. Therefore, systematic and high-throughput approaches to predict new AOPs are needed. Here, we developed and implemented a data integration-based framework to generate new candidate AOPs using insecticides and Parkinson Disease as a proof of concept. We integrated and statistically linked disconnected databases (e.g., Comparative Toxicogenomics Database, Human Protein Atlas, and Gene Ontology) to form MIE – KE (cell level) – KE (tissue level) – AO candidate AOPs. Through this systematic process, we generated 562,117 candidate AOPs, which we then scored using a weight of evidence (WoE) approach and prioritized 12,756 AOPs with a WoE >0.5. Through random sampling of 100 prioritized AOPs, we found 70% had external literature supporting their biological plausibility, and only 15% represented identifiably implausible associations. The prioritized AOPs describe varied mechanisms of toxicity related to e.g., MAPK, PTEN, and FGFR signaling pathways, with “increases phosphorylation of MAPK1 ” as the most frequent MIE. Our AOP generating approach yields consistently structured AOPs and can complement existing and emerging development methods to expand AOP coverage across different stressors and outcomes.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.