No genetic evidence for <i>SLC7A11</i> involvement in Parkinson’s Disease

Araştırma özeti

Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by

Arka plan SLC7A11 tarafından kodlanan sistin / glutamat antiportörü hücresel redoks dengelerini ve lizozomal pH'ı korur. Son moleküler kanıtlar, SLC7A11'in Parkinson hastalığına (PD) dahil olabileceğini öne sürdü. Bununla birlikte, SLC7A11'in PD duyarlılığına genetik katkısı belirsizliğini korumaktadır. Yöntemler Hızlanan İlaçlar Ortaklığı-Parkinson Hastalığı (AMP-PD) ve Birleşik Krallık Biobank (UKBB) kohortlarından, 5.5375 vaka ve 35.002 kontrolden oluşan tüm genom dizilim verilerini analiz ettik. Nadir değişken yük analizleri SKAT-O ve MetaSKAT kullanılarak yapılmıştır. PD riski ve glukoserebrosidaz (GCase) enzim aktivitesi ile ortak değişkenli ilişkiler, önceki GWAS özet istatistikleri kullanılarak bölgesel bağlantı dengesizliği şemaları ile değerlendirildi. Gen ekspresyon etkileri, GTEx v7'den beyine özgü ekspresyon nicel özellik loci (eQTL) verileri ile incelenmiştir. SLC7A11 lokus boyunca GWAS ve eQTL sinyallerini görselleştirmek ve karşılaştırmak için colocalization analizleri ve bölgesel dernek arsaları oluşturuldu. Sonuçlar Nadir veya yaygın SLC7A11 varyantları, ilgili beyin bölgelerinde SLC7A11 ekspresyonu üzerinde güçlü etkileri olan varyantlar da dahil olmak üzere PD veya GCase aktivitesi ile ilişkili değildi. Tartışma Bu bulgular, SLC7A11'deki genetik varyasyonun veya ifadesinin PD duyarlılığında büyük bir rol oynama olasılığının düşük olduğunu göstermektedir. SLC7A11 geninin Parkinson hastalığına karıştığına dair kanıt bulamadık. Düz Dil Özeti Parkinson Hastalığı (PD), hem genetik hem de çevresel faktörlerin bir kişinin PD geliştirme riskinde rol oynadığı bir beyin bozukluğudur. Son çalışmalar, SLC7A11 adlı bir genin, hücre stresi ve lizozom fonksiyonu gibi PD alma şansını artıran faktörlerin azaltılmasına yardımcı olduğu için PD'ye dahil olabileceğini öne sürdü. Bu makalede, SLC7A11 ve PD'nin genetik önemini iki veri kümesinden gelen verileri analiz ederek test ettik: Hızlandırılmış İlaçlar Ortaklığı-Parkinson Hastalığı çalışması ve UK Biobank. Birlikte, SLC7A11'in hem nadir hem de yaygın genetik değişikliklerini yaklaşık 5.300 kişide PD ve 35.000 kişide inceledik. Ayrıca bu genetik değişikliklerin, lizozomal fonksiyon için önemli bir enzim olan GCase'yi etkileyip etkilemediğini ve farklı beyin bölgelerinde SLC7A11 aktivitesinde bir fark olup olmadığını araştırdık. SLC7A11'deki genetik değişikliklerin PD riski veya GCase enzim aktivitesi ile ilişkili olduğuna dair bir kanıt bulamadık. Bazı genetik değişiklikler beyindeki SLC7A11 ekspresyonunu etkiledi, ancak bu değişiklikler PD ile bağlantılı değildi. Genel olarak, bulgularımız SLC7A11'deki kalıtsal genetik farklılıkların PD riskinde büyük bir rol oynama olasılığının düşük olduğunu göstermektedir.

Özgün kaynak özetini okuyun

Background The cystine/glutamate antiporter encoded by SLC7A11 maintains cellular redox balances and lysosomal pH. Recent molecular evidence suggested that SLC7A11 may be involved in Parkinson’s disease (PD). However, the genetic contribution of SLC7A11 to PD susceptibility remains unclear. Methods We analysed whole-genome sequencing data from the Accelerating Medicines Partnership-Parkinson’s Disease (AMP-PD) and United Kingdom Biobank (UKBB) cohorts, comprising of 5,5375 cases and 35,002 controls. Rare variant burden analyses were performed using SKAT-O and MetaSKAT. Common-variant associations with PD risk and glucocerebrosidase (GCase) enzyme activity were assessed with regional linkage disequilibrium plots using previous GWAS summary statistics. Gene expression effects were examined through brain-specific expression quantitative trait loci (eQTL) data from GTEx v7. Colocalization analyses and regional association plots were generated to visualize and compare GWAS and eQTL signals across the SLC7A11 locus. Results No rare or common SLC7A11 variants were associated with PD or GCase activity, including variants that had strong effects on SLC7A11 expression in relevant brain regions. Discussion These findings suggest that genetic variation in SLC7A11 or its expression are unlikely to have a major role in PD susceptibility. Plain Language Title We did not find evidence that the SLC7A11 gene is involved in Parkinson’s disease Plain Language Summary Parkinson’s Disease (PD) is a brain disorder where both genetic and environmental factors play a role in a person’s risk of developing PD. Recent studies suggested that a gene called SLC7A11 may be involved in PD as it helps to decrease the factors that increase the chances of getting PD, such as cell stress and lysosome function. In this paper, we tested the genetic importance of SLC7A11 and PD by analysing data from two data sets: the Accelerating Medicines Partnership-Parkinson’s Disease study and the UK Biobank. Together, we studied both rare and common genetic changes of SLC7A11 in approximately 5,300 people with PD and 35,000 without. We also looked at whether these genetic changes affected GCase, an enzyme important for lysosomal function, and whether there was a difference in SLC7A11 activity in different brain regions. We found no evidence that genetic changes in SLC7A11 were associated with PD risk or GCase enzyme activity. Some genetic changes affected SLC7A11 expression in the brain, but these changes were not linked with PD. Overall, our findings suggest that inherited genetic differences in SLC7A11 are unlikely to play a major role in PD risk.

Bilimsel değerlendirme

Araştırma sorusu

Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.

Yöntem ve örneklem

Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.

Temel bulgular

Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.

Sınırlılıklar

Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.

Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.