NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Abstract Background: Amacımız Parkinson hastalığı (PD) hastaları arasındaki diferansiyel olarak ifade edilen genleri (DEG'ler) ve mikroarray teknolojisi ile kontrolleri ve fonksiyonel açıklama ile ilgili moleküler yolların analizini tanımlamaktı. Yöntemler: Otuz PD hastası ve 30 kontrol alındı. Agilent Human 8X60 K Oligo Microarray gen seviyesi ekspresyon tanımlaması için kullanılmıştır. Gen ontolojisi ve pathway zenginleştirme analizleri DEG'lerin fonksiyonel notasyonu için kullanılmıştır. Protein-protein etkileşim analizleri STRING ile yapılmıştır. DEG'ler arasında rastgele seçilen 5 genin ekspresyon seviyeleri, doğrulama için gerçek zamanlı nicel polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile ölçüldü. Flow sitometri, periferik kan mononükleer hücrelerinde düzenleyici T hücrelerinin (Tregs) sıklığını belirlemek için yapıldı. Bulgular: GeneSpring analizinden sonra toplam 361 DEG (143 upregüle ve 218 downregulated) tespit edildi. DEG'ler 28 biyolojik süreç, 12 hücresel bileşen ve 26 moleküler fonksiyonda yer aldı. Pathway analizleri, p53 (CASP3, TSC2, ATR, MDM4, CCNG1) ve PI3K/Akt (IL2RA, IL4R, TSC2, VEGFA, PKN2, PIK3CA, ITGA4, BCL2L11) sinyal yollarında zenginleştirilmiş genlerin olduğunu göstermiştir. TP53 ve PIK3CA en önemli hub proteinleri olarak tanımlanmıştır. RT-PCR tarafından elde edilen ifade profilleri mikroarray bulguları ile tutarlıydı. PD hastaları, engellilik puanlarıyla ilişkili CD49d + Treg oranlarının arttığını gösterdi. Tartışma: Hayatta kalma yolu genleri, nöronal dejenerasyonu telafi etmek için itafi olarak arttırıldı. Biyoinformatik analiz, hayatta kalma ve inflamasyon genleri arasında bir ilişki olduğunu gösterdi. Artan CD49d + Treg oranları, bağışıklık sisteminin devam eden iltihabı bastırma girişimini ifade edebilir. Sonuç: Treglerin değişen fonksiyonları PD patogenezinde önemli bir rol oynayabilir ve CD49d ifadesi PD'nin prognostik biyobelirteçleri olabilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
Abstract Background: Our aim was to identify the differentially expressed genes (DEGs) between Parkinson’s disease (PD) patients and controls by microarray technology and analysis of related molecular pathways by functional annotation. Methods: Thirty PD patients and 30 controls were enrolled. Agilent Human 8X60 K Oligo Microarray was used for gene level expression identification. Gene ontology and pathway enrichment analyses were used for functional annotation of DEGs. Protein-protein interaction analyses were performed with STRING. Expression levels of randomly selected 5 genes among DEGs were quantified by real time quantitative polymerase chain reaction (RT-PCR) for validation. Flow cytometry was done to determine frequency of regulatory T cells (Tregs) in peripheral blood mononuclear cells. Results: A total of 361 DEGs (143 upregulated and 218 downregulated) were identified after GeneSpring analysis. DEGs were involved in 28 biological processes, 12 cellular components and 26 molecular functions. Pathway analyses demonstrated that upregulated genes mainly enriched in p53 (CASP3, TSC2, ATR, MDM4, CCNG1) and PI3K/Akt (IL2RA, IL4R, TSC2, VEGFA, PKN2, PIK3CA, ITGA4, BCL2L11) signaling pathways. TP53 and PIK3CA were identified as most significant hub proteins. Expression profiles obtained by RT-PCR were consistent with microarray findings. PD patients showed increased proportions of CD49d+ Tregs, which correlated with disability scores. Discussion: Survival pathway genes were upregulated putatively to compensate neuronal degeneration. Bioinformatics analysis showed an association between survival and inflammation genes. Increased CD49d+ Treg ratios might signify the attempt of the immune system to suppress ongoing inflammation. Conclusion: Altered functions of Tregs might have an important role in PD pathogenesis and CD49d expression could be a prognostic biomarker of PD.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.