SEA: The small RNA Expression Atlas

Araştırma özeti

Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by

Bilinen ve yeni küçük RNA'ların on organizma boyunca etkileşimli sorgulanmasına, görselleştirilmesine ve analizine izin veren bir web uygulaması olan Small RNA Expression Atlas'ı (SEA) sunuyoruz. Standart arama terimleri ve ontolojileri olan 4.200'den fazla yayınlanmış örnek için sRNA ve patojen ifade bilgileri içerir. Buna ek olarak, SEA, 879 diferansiyel ifadenin ve 514 sınıflandırma karşılaştırmasının etkileşimli görselleştirilmesine ve yeniden analizine izin verir. SEA'nın kullanıcı modeli, sRNA araştırmacılarının kullanıcıya özgü ve yayınlanan veri kümelerini karşılaştırmasını ve yeniden analiz etmesini sağlayarak, ortak ve farklı sRNA ifade kalıplarını vurgular. SEA'nın sadakati için (i) 30 doku boyunca 591 dokuya özgü miRNA seti oluşturarak, (ii) hastalıklar arasında bilinen ve yeni bakteriyel ve viral enfeksiyonları bularak ve (iii) Parkinson hastalığına özgü kan biyobelirteci imzasını yeni veriler kullanarak belirleyerek kanıt sağlarız. SEA'nın basit semantik arama arayüzü, esnek etkileşimli raporlar ve zengin analiz yeteneklerine sahip kullanıcı modelinin, araştırmacıların sRNA'ların veya patojenlerin doku, hastalık ve organizmalar arasındaki potansiyel işlevini ve teşhis değerini daha iyi anlamalarını sağlayacağına inanıyoruz. Kullanılabilirlik ve Uygulama SEA Java, J2EE, yay, Django, html5, css3, JavaScript, Bootstrap, Vue.js, D3, mongodb ve neo4j'de uygulanmaktadır. http://sea.ims.bio/ adresinde serbestçe bulunabilir.

Özgün kaynak özetini okuyun

We present the Small RNA Expression Atlas (SEA), a web application that allows for the interactive querying, visualization, and analysis of known and novel small RNAs across ten organisms. It contains sRNA and pathogen expression information for over 4,200 published samples with standardized search terms and ontologies. In addition, SEA allows for the interactive visualization and re-analysis of 879 differential expression and 514 classification comparisons. SEA’s user model enables sRNA researchers to compare and re-analyze user-specific and published datasets, highlighting common and distinct sRNA expression patterns. We provide evidence for SEA’s fidelity by (i) generating a set of 591 tissue specific miRNAs across 30 tissues, (ii) finding known and novel bacterial and viral infections across diseases, and (iii) determining a Parkinson’s disease-specific blood biomarker signature using novel data. We believe that SEA’s simple semantic search interface, the flexible interactive reports, and the user model with rich analysis capabilities will enable researchers to better understand the potential function and diagnostic value of sRNAs or pathogens across tissues, diseases, and organisms. Availability and Implementation SEA is implemented in Java, J2EE, spring, Django, html5, css3, JavaScript, Bootstrap, Vue.js, D3, mongodb and neo4j. It is freely available at http://sea.ims.bio/ .

Bilimsel değerlendirme

Araştırma sorusu

Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.

Yöntem ve örneklem

Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.

Temel bulgular

Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.

Sınırlılıklar

Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.

Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.