NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Kütle spektrometrisi (MS) tabanlı proteomik verilerin analizini ve paylaşımını kolaylaştırmak için CURTAIN (https://curtain.proteo.info) ve CURTAIN-PTM (https://curtainptm.proteo.info) adlı araçları oluşturduk. Bunlar, MS olmayan uzmanın volkan arsalarını etkileşimli olarak incelemesini sağlar; birincil deneysel verileri, istatistiksel analize izin veren bar çizelgelerinde veya keman arsalarında görselleştirilebilen bireysel kopyalara ayrıştırır; ve SVG formatında arsaların dışa aktarılması. Ayrıca, korelasyon matrisi ve profil grafiği ile deneysel kalitenin değerlendirilmesine izin verirler. CURTAIN içinde, kullanıcı alan yapısı, AlphaFold öngörülen yapısı, rapor edilen etkileşimciler, göreceli ifade, hastalık ve ilaç bağlantıları ve seçilen tüm isabetler hakkında mutajenez bilgilerini analiz edebilir. Dahası, CURTAIN-PTM, seçilen veritabanlarında bulunan PTM bilgileriyle protein(ler) üzerindeki tüm tanımlanmış PTM sitelerinin karşılaştırılmasına izin verir. Fosforilasyon site analizi için CURTAIN-PTM, ilgi alanlarını fosforilatlayan yukarı doğru kinazları tahmin etmek için kinaz kitaplığı ile bağlantı kurar. Parkinson'un LRRK2 kinazına karşı koyan PPM1H Rab fosfatazın hedefli bozulmasının hücresel protein seviyelerini ve fosforilasyon bölgelerini nasıl etkilediğini analiz ederken CURTAIN ve CURTAIN-PTM'nin yararlılık örneklerini sunuyoruz. Bir ubiquitilation veri kümesini yeniden analiz ettik, birincil nöronlardaki PINK1-Parkin yol aktivasyonunu karakterize ettik, daha önce vurgulanmayan yeni ilgi verilerini ortaya çıkardık. CURTAIN ve CURTAIN-PTM kullanımı ve açık kaynak kullanımı ücretsizdir ve araştırmacıların proteomik verilerinin analizini ve etkisini paylaşmalarını ve en üst düzeye çıkarmalarını sağlayacaktır. Diferansiyel ifade proteomik verilerinin, okuyucuların verilerini daha iyi keşfetmelerini sağlayan paylaşılabilir bir CURTAIN web bağlantısı içeren yayınlanması gerektiğini savunuyoruz. Uzman olmayanların kütle spektrometrisi verilerini daha iyi paylaşmalarını ve keşfetmelerini sağlamak için, açık kaynaklı yazılım, CURTAIN ve CURTAIN-PTM olarak adlandırılan etkileşimli araçlar kullanarak oluşturduk. Bu araçlar, kullanıcıların analiz oturumlarını keskin bir benzersiz web bağlantısıyla kaydetmelerini sağlayarak, diğer araştırmacıların bu veri kümelerini görselleştirmelerini ve daha fazla analiz etmelerini sağlar. Bu bağlantılar, okuyucuların rapor edilen verileri daha fazla araştırmasına izin veren yayınlarda da bildirilebilir. Paylaşılabilir bir web bağlantısı içeren proteomik verileri yayınlamanın araştırma topluluğu için faydalarını tartışıyoruz.
Özgün kaynak özetini okuyun
To facilitate analysis and sharing of mass spectrometry (MS)-based proteomics data we created tools called CURTAIN ( https://curtain.proteo.info ) and CURTAIN-PTM ( https://curtainptm.proteo.info ). These enable the non-MS expert to interactively peruse volcano plots; deconvolute primary experimental data to individual replicates that can be visualized in bar charts or violin plots allowing statistical analysis; and export of plots in SVG format. They also permit assessment of experimental quality by correlation matrix and profile plot. Within CURTAIN, the user can analyze domain structure, AlphaFold predicted structure, reported interactors, relative expression, disease and pharmaceutical links, and mutagenesis information on all selected hits. Moreover, CURTAIN-PTM permits the comparison of all identified PTM sites on protein(s) of interest with PTM information contained within selected databases. For phosphorylation site analysis CURTAIN-PTM links with the kinase library to predict upstream kinases that phosphorylate sites of interest. We provide examples of the utility of CURTAIN and CURTAIN-PTM in analyzing how targeted degradation of the PPM1H Rab phosphatase that counteracts the Parkinson’s LRRK2 kinase impacts cellular protein levels and phosphorylation sites. We reanalyzed a ubiquitylation dataset, characterizing the PINK1-Parkin pathway activation in primary neurons, revealing new data of interest not highlighted previously. CURTAIN and CURTAIN-PTM are free to use and open-source and will enable researchers to share and maximize the analysis and impact of their proteomics data. We advocate that differential expression proteomic data should be published containing a shareable CURTAIN web-link, allowing readers to better explore their data. Significance Statement To enable non-experts to better share and explore mass spectrometry data, we have generated using open-source software, interactive tools termed CURTAIN and CURTAIN-PTM. These tools enable users’ to save their analysis sessions with a sharable unique web-link, enabling other researchers to visualize and further analyze these datasets. These links can also be reported in publications allowing readers to further survey the reported data. We discuss benefits for the research community of publishing proteomic data containing a shareable web-link.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.