NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Caenorhabditis elegans (C. elegans), Alzheimer (AD) ve Parkinson hastalığı (PD) gibi metabolizma ve nörodejeneratif bozuklukları incelemek için iyi kurulmuş bir nematod modelidir. Sıvı kromatografisi yoluyla hedefsiz metabolomlar, tandem kütle spektrometrisi (LC-MS/MS) ile birleştiğinde, biyolojik sistemlerdeki metabolik değişiklikleri ortaya çıkarmak için yararlı olduğu kanıtlanmıştır. Burada, C. elegans metabolomics için iş akışları sunuyoruz, gelişmiş açık bilim araçlarından yararlanıyoruz. İki metabolit ekstraksiyon yöntemini karşılaştırdık: pozitif polarite (HILIC POS) ile hidrofilik etkileşimde yapılan analizlerde daha geniş metabolit kapsamı sağlayan monofazik ekstraksiyon ve ters faz C18 kromatografisinde negatif polarite (RPLC NEG) analizleri ile daha fazla özellik sağlayan bifazik ekstraksiyon. Veriler, PubChemLite bileşiklerini ve C. elegans'a özgü metabolitleri PubChem ve edebiyat kaynakları ile geliştirilmiş genişletilmiş WormJam veritabanından birleştiren IPO, XCMS, CAMERA ve MetFrag'ı entegre eden patRoon kullanılarak işlendi. MS-DIAL, veri işleme için de kullanıldı ve CFM-ID kullanılarak hesaplanan genişletilmiş WormJam metabolitleri için öngörülen spektrumlarla genişletilmiş ek açıklamalara izin verdi. Bristol (N2) vahşi tip suşunu ksenobiyotik metabolize edici enzimlerin iki nakavt suşu ve nörodejeneratif yollara bağlı iki transgenik suş ile karşılaştırırken önemli metabolit farklılıkları tespit edildi. Her bir suş için havuzlu kalite kontrol (QC) örnekleri, sağlam veri kalitesi ve suşla ilgili metabolitlerin tespit edilmesini sağlamıştır. Çalışmamız, model organizmalarda açık bilim araçlarını kullanan metabolit keşfi için hedeflenmemiş metabolomların potansiyelini göstermektedir.
Özgün kaynak özetini okuyun
Caenorhabditis elegans (C. elegans) is a well-established nematode model for studying metabolism and neurodegenerative disorders, such as Alzheimer's (AD) and Parkinson's disease (PD). Non-targeted metabolomics via liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) has proven useful for uncovering metabolic changes in biological systems. Here, we present workflows for C. elegans metabolomics, leveraging advanced open science tools. We compared two metabolite extraction methods: a monophasic extraction, which provided broader metabolite coverage in analyses conducted in hydrophilic interaction with positive polarity (HILIC POS), and a biphasic extraction, which yielded more features in reverse-phase C18 chromatography with negative polarity (RPLC NEG) analyses. Data were processed using patRoon, integrating IPO, XCMS, CAMERA, and MetFrag, which incorporated PubChemLite compounds and C. elegans-specific metabolites from an expanded WormJam database enhanced with PubChem and literature sources. MS-DIAL was also employed for data processing, allowing for expanded annotations with predicted spectra for the expanded WormJam metabolites calculated using CFM-ID. Significant metabolite differences were identified when comparing the Bristol (N2) wild-type strain with two knockout strains of xenobiotic-metabolizing enzymes and two transgenic strains related to neurodegenerative pathways. Pooled quality control (QC) samples for each strain ensured robust data quality and the detection of strain-related metabolites. Our study demonstrates the potential of non-targeted metabolomics for metabolite discovery employing open science tools in model organisms.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.